Laboratorium Program Studi Sains Lingkungan Kelautan berfungsi sebagai laboratorium pendidikan dan penelitian. Sebagai laboratorium pendidikan, laboratorium di Prodi Sains Lingkungan Kelautan memiliki fasilitas yang dapat menunjang kegiatan praktikum setiap mata kuliah. laboratorium ini juga berfungsi memberikan fasilitas mahasiswa untuk penelitian tugas akhir serta memberikan dukungan bagi kuliah lapang dengan memimberikan fasilitas peminjalam alat-alat di bidang kelautan.
Marine Tropical Ecology Laboratory atau Laboratorium Ekologi Laut Tropis terletak di Gedung Laboratorium Teknik 4 dengan fasilitas sebagai berikut:
1. Digital Light Meter
2. SCUBA set
3. SCUBA Tank 80 Cuft
4. Weight for SCUBA Diver
5. Ekman Grab
6. Drone
7. Echosounder
8. Camer Underwater
9. Life Jacket (M, L, XL)
10. Multi-Parameter Water Quality Meter
11. GPS Garmin Montana
12. Portable Dissolved Oxygen (DO Meter)
Marine Environmental Science Laboratory atau Laboratorium Sains Lingkungan Kelautan terletak di Gedung Laboratorium Teknik 5 dengan fasilitas sebagai berikut:
1. Workstation
2. Hot Plate Stirrer
3. Vortex Mixer Tipe ZX3
4. Mikroskop Olympus CX-23 binokuler LED
5. Vertical Laminar Flow Cabinet
6. Autoclave
7. Moticam A5
8. Nikon Mikroskop Binokular Eclipse
9. Nikon Trinocular Microscope Eclipse Ni-U
10. Microscope Phase Constrast
11. Techcomp Double Beam UV -Vis Spectrophotometer
12. Digital Rotary Evaporator RE 100-S
13. Waterbath
14. Mikropipet set
15. Eppendrof Centrifuge Minispin
16. Memmert Incubator
17. Oven
Marine Technology Laboratory atau Laboratorium Teknologi Kelautan terletak di Gedung Laboratorium Teknik 5 dengan fasilitas sebagai berikut:
1. komputer Veirton X Windows 11
2. Proyektor
3. Infokus
